Tam, kde se nachází dnes Dubeč, bylo doloženo opevněné sídliště už v pozdní době kamenné. Ve středověku zde vznikla osada a jak bylo v tomto období obvyklé, brzy zde byl postaven i kostel. Jeho zbytky můžeme najít ve zdivu kostela sv. Petra.
Přesný rok vzniku tohoto kostela není znám. Bylo to pravděpodobně někdy kolem první poloviny čtrnáctého století, jak naznačuje i raně gotický styl stavby. Nedá se vyloučit, že vznikla na místě nějakého staršího kostelíku, ale po něm se do dnešní doby nedochovalo vůbec nic. První zmínka o kostelu je z roku 1357 a další z roku 1364, kdy zde nastoupil plebán Matěj Ursi z Březí. Patrony kostela byli staroměstští patricijové. O středověké historii kostela není moc známo, pravděpodobně byla spojena s historií obce a jejího okolí. Zachovaly se informace o barokní úpravě, která proběhla v sedmnácté století a jejímž autorem byl Václav Budil.
V roce 1867 došlo k velké rekonstrukci kostela sv. Petra a jeho novogotické úpravě. Z původní stavby zůstalo obvodové zdivo lodi a presbyteria. Nově byla postavena i věž místo původní zvonice, která stála samostatně. I když zvon, který se v ní nachází je výrazně staršího data. Byl vytvořen v roce 1659 zvonařem Benedictem Briotem z Lotrinska. Při příležitosti rekonstrukce kostela byly před něj vysazeny dva jasany. Jeden z nich byl pokácen v květnu 1945 a posloužil jako materiál na barikády během pražského povstání, ale druhý vydržel až do dnešních dnů. Má impozantní téměř čtyřmetrový obvod kmene a v roce 1999 byl vyhlášen památným stromem. Na konci devatenáctého století kostel získal nové jednomanuálové varhany. V roce 2003 byla zahájena velká rekonstrukce stavby, která byla dokončena o dva roky později. V kostele byl kdysi vzácný gotický obraz sv. Ondřeje a sedmi českých patronů. Pro jeho historický a umělecký význam byl ale přesunut do sbírek Národní galerie a ve sv. Petrovi se nachází jeho kopie, kterou v roce 1892 namaloval Jan Janovský.