Michelská synagoga je pravděpodobně nejzajímavější a nejkrásnější historický objekt, který se v Michli nachází. Stojí poblíž Botiče v ulici U Michelského mlýna číslo popisné 124. Dnes se zde nachází sbor Alberta Schweitzera Československé církve husitské.
Původ domu, kde se Michelská synagoga nachází není úplně jasný. Jakési hospodářské stavení, nejpravděpodobněji viniční, zde bylo již pravděpodobně někdy kolem románského či gotického období (jak dosvědčují nálezy starého zdiva, ke kterým došlo během rekonstrukce ve století dvacátém). V období renesance došlo k dalším úpravám a budova byla přestavena taktéž v období baroka. Přesné datum vzniku zdejší synagogy není známo, je možné, že existovala již v osmnáctém století, ale s jistotou její existenci můžeme doložit až ve století následujícím. Tehdy také došlo k další, tentokrát novogotické úpravě stavby. Michelská židovská obec na začátku nebyla příliš veliká, ale velmi rychle služeb modlitebního stánku začaly využívat také okolní místa – sloužila Nuslím, Vršovicím a Podolí. Za první republiky stavba pomalu přestala vyhovovat a byla naplánována i sbírka na rozšíření zdejšího svatostánku. Tyto plány samozřejmě přerušila okupace, ale ke zboření budovy, které bylo smutným osudem mnoha židovských staveb, nedošlo. Synagoga byla totiž v protektorátním období využívána jako skladiště (podobně jako například judaistický sakrální objekt v Libni). Ponurý osud židovské populace se dotkl téměř celého michelského osídlení, proto se i tato stavba po válce nevrátila ke svému účelu – nebylo by pro koho. Stavba následně sloužila jako depozitář Židovského muzea, přechovávaly se zde svitky Tóry z nacisty zlikvidovaných synagog, až do roku 1976. Tehdy budovu převzala Církev československá husitská. Následně probíhala rekonstrukce této stavby a i částečný návrat k její před novogotické podobě. Rekonstrukce byla dokončena v roce 1991 a tehdy také došlo k pojmenování sboru jménem Alberta Schweitzera – je znám hlavně jako lékař a také nositel Nobelovy ceny za mír, ale šlo hlavně o misionáře a protestantského teologa, ale také výtečného varhaníka a největšího znalce díla Johanna Sebastiana Bacha.