V jádru gotický kostel svatého Havla se nachází v Havelské ulici na pražském Starém Městě. Nový návštěvník si ale původu této stavby nevšimne hned na první pohled, protože ho přivítá barokní průčelí ze začátku osmnáctého století.
O předchůdci dnešního kostela nemáme vlastně žádné pořádné zprávy, ale protože první zmínky o církevní stavbě zde, pochází z roku 1301, dá se říci s téměř naprostou jistotou, že zde stál nějaký románský kostelík sv. Havla (počeštěná verze Gallona neboli latinsky Galla, který ačkoliv se narodil v Irsku, tak svatozář získal za evangelizaci Švýcarska na začátku sedmého století), který v tomto roce získal nového faráře. Rozestavoval se a vylepšoval vlastně celé čtrnácté století. Velmi vzácný dar získal i od Karla IV., který mu věnoval ostatky patrona kostela v roce 1353. V druhé polovině čtrnáctého století zde také vzniklo několik oltářů a také nové kaple. V podobné době a na začátku století následujícího byla historie kostela spjata také s několika velmi významnými jmény. Jednak zde kázaly takové osobnosti jako Konrád Waldhauser, Jan Milíč z Kroměříže, Jan Hus a Štěpán z Pálče, které je možno označit za velmi důležité pro přicházející českou reformaci. Ale paradoxně také zde byl v letech 1380 až 1390 plebánem Jan z Pomuku, kterého katolická církev později učinila českým svatým, protikladem k tomu špatnému Janovi upálenému v Kostnici (co si o tom Jan Nepomucký mohl myslet nevíme, přeci jen v době husitských bouří již dávno nebyl mezi živými, takže není možno zjistit, na jakou stranu by se postavil). Když Prahu ovládli husité, kostel se na dvě staletí stal utrakvistickým.
Protestantskou správu ukončila bitva na Bílé Hoře. V roce 1627 jej císař Ferdinand II. svěřil do správy obutým karmelitánům. Ti se snažili své nové panství zaokrouhlit a v roce 1664 se jim podařilo získat i další stavby v okolí. Někdy v druhé polovině sedmnáctého století došlo také k prvním stavebním úpravám kostela sv. Havla, přesný rozsah vnějších změn není znám, ví se ale o změně interiéru, který byl ozdoben štukem G. B. Cometa. K velké úpravě došlo až v první třetině století následujícího, i když přesné datum také není známo, ví se jen, že církevní budovu upravil do barokní podoby P. I Bayer. Klášter obutých karmelitánů byl zrušen výnosem osvíceného Josefa II. a kostel se stal farním.