Kostel sv. Tomáše, který se nachází na pražské Malé Straně, patří díky své věži i k jedněm z výraznějších siluet této čtvrti. Tento kostel je součástí starobylého kláštera řádu augustiniánů.
Kostel svatého Tomáše byl postaven v gotickém stylu v průběhu čtrnáctého století. Stavba vznikala na základech dřívější řománské budovy a presbyterium bylo posvěceno v roce 1315. K dokončení celé budovy došlo v dubnu roku 1379. Za výstavbou byl řád augustiniánů, kteří získali v roce 1285 původní kostel sv. Tomáše poblíž malostranských hradeb, který byl dříve ve správě benediktinů (jak je vidět, přesouvání církevního majetku bylo svého času naprosto obvyklou věcí. Dlouhý vznik stavby kostela i kláštera byl způsoben tím, že augustiniáni nepatřili mezi nejbohatší řády a postupný rozvoj hodně závisel na štědrosti různých dárců – v tom hlavně panovníka či jeho ženy.
Je naprosto jasné, že řádová stavba nemohla uniknout negativní pozornosti husitů – během bouří byl kostel silně poničen. Po bitvě u Lipan se sice řádoví bratři vrátili, ale prostředků měli jen velmi omezené množství, proto obnova všech klášterních budov probíhala velmi pomalým tempem. Navíc částečně obnovený kostel sv. Tomáše byl poničen na začátku šestnáctého století požárem a k téměř k úplnému zničení došlo v roce 1541, znovu během požáru, tentokrát ale šlo o obrovskou ohnivou lázeň, která spálila téměř celou Malou Stranu a Hradčany. Augistiniáni budovu obnovili v letech 1584 až 1592, i když některé práce, které prováděl i slavný Bernardo di Alberto byly ukončeny až na konci sedmnáctého století. Budova získala tehdy honosný renesanční háv. Ten ale nevydržel až do dnešních dnů. V první polovině osmnáctého století – přesněji v letech 1727 až 1731 byla budova oděna do barokního kabátku a krejčím se stal Kilián Ignác Dientzenhofer. Během tzv. komunismu byl klášter samozřejmě zrušen a konvent místo řádových bratrů se stal hostitelem důchodců, pro jejichž potřeby byla i stavba upravena. Budova kostela ale byla oceněna jako vzácná kulturní památka v roce 1958. Po pádu reálného socialismu v roce 1989 byly budovy navráceny řádu.