Křižovnický kostel sv. Františka Serafinského (samozřejmě je někdy uváděn i druhým známějším jménem tohoto svatého neboli kostel sv. Františka z Assisi) zabírá spolu s budovou křižovnického kláštera sevrení stranu náměstí, které je taktéž pojmenováno po jediném čistě českém mnišském řádu.
Křižovníci vznikli v dubnu roku 1237, kdy papež Řehoř proměnil původní pražské špitální bratrstvo na regulerní mnižský řád a dal mu i do znaku kříž se šesticípou hvězdou (zde také je původ názvu onoho řádu). V roce 1252 se mniši usadili u tehdejšího Juditina mostu (předchůdce dnešního mostu Karlova, který stál na téměř stejném místě) a vystavěli si zde klášter s kostelem svatého Ducha (jeho zbytky jsou dostupné pod kostelem sv. Františka Serafinského, i když z gotiky díky barokní úpravě na jeskyni nezbylo) a samozřejmě i špitál. Kromě péče o nemocnici také získali o další povinnosti (a zisky), starali se o údržbu mostu, ale zároveň také vybírali za přechod poplatky – přesněji za přejezd, neboť pěší ho mohli využívat zdarma. Během husitských zmatků byli křižovníci jedni z mála, jejichž majetek nebyl úplně zničen, ale samozřejmě jim pšenka také příliš nekvetla a většina mnichů se rozprchla po celém království. V šestnáctém století došlo k největšímu rozmachu řádu, jeho velmistři se od té doby dokonce stali několikrát pražskými arcibiskupy. Jedním z velmistrů arcibiskupů byl i Jan Bedřich z Valdštejna, který se rozhodl, že řád potřebuje i důstojný barokní svatostánek. Stavbu navrhl Jean Baptiste Mathey (ale protože nebyl vyučeným stavitelem, tak samotnou realizaci museli provádět odborníci neboli Gaudenzio Casanova a Domenico Canevalle) a k vysvěcení chrámu došlo v roce 1688 – i když dokončování a zdobení kostela pokračovalo až do osmnáctého století. A právě výzdoba jeho interiéru bývá považována za krásnou ukázku baroka. A není divu, například freska v kopuli je dílem Václava Vavřince Reinera, který je považován za jednoho z nejlepších českých barokních malířů. A sochy zdobící katolický svatostánek jsou dílem M. V Jackela, R. Prachnera a bratří K. a J. Sussnerových.