Kostel sv. Apolináře, který se nachází v pražské Apolinářské ulici na Novém Městě je v jádru gotická novostavba, které její původní podoba byla přivrácena na konci devatenáctého století.
Za vznikem kostela svatého Apolináře bylo rozhodnutí císaře Karla IV. z roku 1362, kterým se rozhodl přeložit kanonické kolegium ze Sadské do svého Nového Města. Občas se uvádí, že na vršku Větrov se již dříve nacházela církevní budova, měla jí být pravděpodobně románská kaple svatého Jiljí. Jistotu ohledně tohoto nemáme, protože se nedochovalo nic, co by její existenci či podobu doložilo. Datum začátku prací nad novým kostelem není také úplně jasné. Jsou i domněnky, že jeho výstavba či příprava na ní začala ještě dříve než přenesení kolegia. Faktem ale je, že dokončení budovy došlo někdy na konci čtrnáctého století, pravděpodobně někdy kolem roku 1390, kdy byl kostel sv. Apolináře také slavnostně vyzdoben a vymalován. V husitském období kostel nebyl zničen, neboť kanovník Petr z Kroměříže se přidal na stranu reformační revoluce. Utrakvistům poté sloužil celé patnácté a šestnácté století.
Po porážce stavovského povstání a českých protestantů na Bílé Hoře a následné násilné rekatolizaci celé země se stavba vrátila katolické církvi. V roce 1628 byla postoupena svatovítské kapitule (svatoapolinářská kapitula byla s ní od roku 1503 sloučena). V roce 1670 byl kostel poškozen vichřicí a to bylo i impulsem k jeho modernizaci v barokním slohu. K dalšímu poškození došlo v roce 1757, když si Prušáci zde zřídili svou zbrojnici. Během oprav budovy došlo k její další barokizaci. V roce 1784 se sv. Apolinář stal farním kostelem pro nově zřízenou farnost. K návratu barokní podoby došlo na konci devatenáctého století v letech 1893 až 1898. Byla dílem architekta J. Mockera, který stojí za velkým množstvím takovýchto úprav v Praze. Tehdy došlo nejen k opravám poškozených portálů, kružeb a zvětralých kamenů. Byl také postaven nový západní štít lodi , střecha a odstraněny některé barokní prvky, které odhalily původní gotickou výzdobu kostela.