Kostel svatého Jiljí, který se nachází v Husově ulici na Starém Městě je zasvěcen světci, který žil na přelomu sedmého a osmého století poustevnickým životem v Provenci (i když pocházel z Řecka), kde později založil významný klášter a přijal kněžská svěcení.
Na místě dnešní honosné stavby stával již na začátku třináctého století menší románský kostelík. Pražský biskup Jan IV. z Dražic se ho na začátku čtrnáctého století rozhodl zvelebit a začal budovu přestavovat na honosný gotický chrám. Stavba probíhala většinu století, k vysvěcení dokončeného kostela došlo až v květnu roku 1371. Během husitských bouří byla budova obsazena zastánci podobojí. V roce 1432 během obrovské bouře (výjmečně se nejednalo o bouře způsobené náboženskými či politickými spory, ale o opravdovou přírodní pohromu) byla bleskem zasažena střecha severní věže kostela, a ta při následném požáru shořela a zničily se i zdejší zvony. Věž byla sice opravena, ale její původní podoba již obnovena nebyla a tak to zůstalo i při dalších úpravách a přestavbách
Protestantům kostel patřil až do Bitvy na Bílé hoře. Po porážce stavovského povstání a násilné rekatolizaci celé země je jasné, že žádný utrakvistický kostel nemohl zůstat v původních rukou. Císař Ferdinand II. kostel sv. Jiljí věnoval v roce 1625 psům páně neboli dominikánům, kteří si pořídili i několi okolních domů a po jejich zbourání zde vystavěli klášter. Původní kostel ale docela chátral a to až do roku 1733, kdy se řád rozhodl ho opravit a také barokně upravit. Během vlády moudrého a osvíceného Josefa II. byla velmi silně osekána moc a s ní spojené majetky katolické církve. Nejsilněji panovníkova nařízení dopadla na různé církevní řády a to včetně pražských dominikánů. Ti byli donuceni zrušit některé své vedlejší aktivity a také museli odevzdat část klášterní knihovny univerzitě. Řád ani klášter ale zrušeny nebyly, jen byl omezen počet řádových bratří a podroben státní kontrole. K likvidaci dominikánů došlo po komunistickém převratu v roce 1948, ale samozřejmě se sametem se zase vrátili a získali zpět své původně státem přidělené majetky.