Kostel sv. Šimona a Judy je jednolodní, nepříliš známá barokní stavba, která se nachází v Praze 1 Starém městě. Ale není na hlavních turistických trasách, stojí tak trochu bokem v ulici U milosrdných.
Dnešní barokní kostel stojí na místě, či přesněji poblíž místa, kde stával jeho gotický předchůdce. První zmínky o něm pochází z roku 1354, kdy Bohuslav z Olbramovic zde založil špitál a při něm samozřejmě v těchto dobách musela být i kaple. Ta byla zasvěcená svatým Šimonu a Judovi. K dostavení kostela i s nemocnicí došlo do roku 1364. O historii kostela v době středověké moc známo není. Důležitým dobovým mezníkem je až rok 1624, kdy zdejší pozemky včetně kaple a špitálu zakoupil Václav Vilém z Roupova a rozhodl se zde postavit kostel pro české bratry. Ke slavnostnímu vysvěcení nového českobratrského sboru došlo 14. června 1620.
Jak je asi každému jasné, naše domácí protestantská církev se ze své stavby příliš dlouho netěšila. Přišla bitva na Bílé hoře, kostel byl evangelíkům zabaven a přešel na milosrdné bratry. Těm nová trojlodní stavba nevyhovovala a proto se rozhodli ji přestavět na pozdně renesanční jednolodní kostel s některými gotizujícími prvky. K vysvěcení katolického svatostánku došlo v roce 1632 a patrony se zase stali sv. Šimon a Judy. K přestavbě z renesanční stavby na barokní kostel došlo v letech 1720 až 1721 (v letech 1706 až 1712 byly už změněny interiéry), kdy kostel také získal novou zvonici a jižní hlavní portál. Autor barokizace kostela není známý. Občas se sice uvádí Jan Josef Hrdlička, ale ten je doložen až o třicet let později při přestavbách blízké nemocnice. Stavební úpravy a také výzdoba kostela probíhaly vlastně většinu osmnáctého století, byly ukončeny v roce 1773 malbou presbyteria od Josefa Hagera. V dobách tzv. komunistických sloužil jeden čas jako depozitář Muzea hlavního města Prahy. Po roce 1989 ho restituovali znovu milosrdní bratři (i když těm se dostal do rukou vlastně ukradením českým bratrům), proběhla jeho rekonstrukce a dnes je využíván hlavně Symfonickým orchestrem hlavního města, zvláště pro různé koncerty spojené s barokní hudbou.