Praha je jedním z mála evropských měst, kterým se podařilo po druhé světové zachovat hustou zástavbu původních židovských staveb. Jde o velmi zajímavé architektonické objekty, a ani u Maiselovy synagogy, která se nachází na pražském Židovském Městě tomu není jinak.
V judaismu bylo obvyklé, že církevní stavby nechal postavit nějaký zámožný občan židovské obce. Stejný původ má i Maiselova synagoga. Mordechai Maisel, byl velmi významným židovským obchodníkem a bankéřem, kterému se dokonce říkalo dvorní žid císaře Rudolfa II. Měl také významné postavení v židovské náboženské obci a velmi pečoval o její rozvoj. Pražské getto mu vděčí za výstavbu synagog, škol, ulic, radnice, nemocnice, ale také i za pozvání do Prahy slavného filosofa rabbi Lowa (ačkoliv je znám spíše svým golemem, měl by být známější pedagogickou prací, která je dosti podobná práci Jana Amose Komenského). Synagogy které nechal postavit byly Vysoká a právě Maiselova, která měla na začátku plnit funkci osobní modlitebny pana Mordechaie.
Základní kámen byl na již dříve pořízených pozemcích položen v únoru 1590 a synagoga stavená podle návrhu architekta Judy Goldschieda de Herz byla postavena v krásném renesančním stylu do září roku 1592. V roce 1689 Maiselova synagoga vyhořela, ale židovská obec ji nechala velmi rychle opravit. Opravy změnily její původní velikost, mělo dojít ke zkrácení až o jednu třetinu původní délky, i když zdroje se v této informaci úplně neshodnou. Další požár, který vybuchl v polovině následujícího století Maiselovu synagogu také poškodil, ale ani tehdy nebyl nějaký velký problém pro obec ji postavit. K přestavbám a architektonickým úpravám došlo v letech 1862 až 1864 a také na přelomu devatenáctého a dvacátého století, kdy se na renesanční stavba z velké části změnila na novogotickou. Za druhé světové, podobně jako jiné židovské objekty v Praze, sloužila Maiselova synagoga jako skladiště nakradeného majetku, po válce byl zde umístěn depozitář Židovského muzea a od roku 1965 také pro veřejnost přístupná exposice nádob využívaných při judaistických bohoslužbách. K velké rekonstrukci budovy došlo v devadesátých letech dvacátého století a poté zde byla také rozšířena výstava i o dějiny Židů v Čechách a na Moravě.